PDZ domen

Molekulska struktura PDZ domena uključujući ljudski GOPC (Goldži-vezani PDZ protein koji sadrži motiv upredene zavojnice)
Identifikatori
Simbol PDZ
Pfam PF00595
InterPro IPR001478
SMART PDZ
PROSITE PDOC50106
SCOP 1lcy
Superfamilija 1lcy
Dostupne PDB strukture:
Pfam structures
PDB RCSB PDB; PDBe
PDBsum strukturni pregled

PDZ domen je zajednički strukturni domen sa 80-90 aminokiselina koji je nađen kod signalnih proteina bakterija, kvasca, biljki, virusa[1] i životinja.[2] PDZ je akronim formiran kombinovanjem prvih slova imena tri proteina — PSD95 (engl. post synaptic density protein), DlgA (engl. Drosophila disc large tumor suppressor), i zo-1 (engl. zonula occludens-1 protein) — za koje su prvo otkriveno da imaju zajednički domen. PDZ domeni su se ranije nazivali DHR (Dlg homolognim regionom)[3] ili GLGF (glicin-leucin-glicin-fenilalanin) domenima. Ti domeni pomažu vezivanje transmembranskih proteina za citoskelet i drže na okupu signalne komplekse[4].

PDZ domeni imaju sposobnost vezivanja za kratki region C-terminusa drugih specifičnih proteina. Ti kratki regioni se vezuju za PDZ domen putem augmentacije beta ravni. Beta ravan PDZ domena se uvećava dodatkom dodatnog beta lanaca iz vezanog proteina.[5]

Proteini koji sadrže ovaj domen

PDZ domeni su nađeni kod više hiljada poznatih proteina[6] Ti proteini su široko rasprostranjeni kod eukariota i eubakterija,[7] dok ima veoma malo primera tih proteina kod Archaebacteria. PDZ domeni su često sa drugim proteinskim domenima i te kombinacije im omogućavaju da izvršavaju njihove specifične funkcije. Na primer za PDZ domene u PSD-95 proteinima je utvrđeno da su vezani sa SH3 domenom i guanilat kinaznim domenom.

Literatura

  1. ↑ Boxus M, Twizere JC, Legros S, Dewulf JF, Kettmann R, Willems L (2008). „The HTLV-1 Tax interactome”. Retrovirology 5: 76. DOI:10.1186/1742-4690-5-76. PMC 2533353. PMID 18702816. 
  2. ↑ Ponting CP (February 1997). „Evidence for PDZ domains in bacteria, yeast, and plants”. Protein Sci. 6 (2): 464–8. DOI:10.1002/pro.5560060225. PMC 2143646. PMID 9041651. 
  3. ↑ Ponting CP, Phillips C (March 1995). „DHR domains in syntrophins, neuronal NO synthases and other intracellular proteins”. Trends Biochem. Sci. 20 (3): 102–3. DOI:10.1016/S0968-0004(00)88973-2. PMID 7535955. 
  4. ↑ Ranganathan R, Ross E (1997). „PDZ domain proteins: scaffolds for signaling complexes.”. Curr Biol 7 (12): R770–3. DOI:10.1016/S0960-9822(06)00401-5. PMID 9382826. 
  5. ↑ Cowburn D (December 1997). „Peptide recognition by PTB and PDZ domains”. Curr. Opin. Struct. Biol. 7 (6): 835–8. DOI:10.1016/S0959-440X(97)80155-8. PMID 9434904. 
  6. ↑ Lee HJ, Zheng JJ (2010). „PDZ domains and their binding partners: structure, specificity, and modification”. Cell Commun. Signal 8: 8. DOI:10.1186/1478-811X-8-8. PMC 2891790. PMID 20509869. 
  7. ↑ Ponting CP (February 1997). „Evidence for PDZ domains in bacteria, yeast, and plants”. Protein Sci. 6 (2): 464–8. DOI:10.1002/pro.5560060225. PMC 2143646. PMID 9041651. 

Dodatna literatura

  • Ponting CP, Phillips C, Davies KE, Blake DJ (June 1997). „PDZ domains: targeting signalling molecules to sub-membranous sites”. Bioessays 19 (6): 469–79. DOI:10.1002/bies.950190606. PMID 9204764. 
  • Doyle DA, Lee A, Lewis J, Kim E, Sheng M, MacKinnon R (June 1996). „Crystal structures of a complexed and peptide-free membrane protein-binding domain: molecular basis of peptide recognition by PDZ”. Cell 85 (7): 1067–76. DOI:10.1016/S0092-8674(00)81307-0. PMID 8674113. 

Spoljašnje veze

  • PDZ domen kao kompleksni adaptivni sistem
  • PDZ domen
  • p
  • r
  • u
BAR • BIR • BZIP • CARD • C1 • C2 • DED • ENTH • FYVE • HEAT • Kringl • LIM • LRR • NACHT • PAS • PDZ • Pirin • PH • PX • SH2 • SH3 • SUN • TRIO • WD40 • Cinkov prst